工程化菌剂是去除环境中有毒的氯酚和氯胺的最绿色和最有利可图的生物降解方法之一。本研究旨在获得一株能同时有效降解4 -氯苯胺(4-CA)和对氯苯酚(4-CP)的工程菌株Pseudomonas P1，并揭示其在实际应用中核心基因表达和代谢途径的潜在差异。利用Python下的networkX绘制蛋白质相互作用网络图，统计基于全基因组测序的基因相互作用网络的各种拓扑性质，揭示参与有机氯降解的蛋白质之间的相互作用。基于转录组测序分析了Pseudomonas P1好氧降解上述化合物过程中的核心基因表达水平，该菌在30 °C、中性pH值和100 mg/L条件下的降解能力最强。重要的是，基于转录组测序分析明确了Pseudomonas P1在有氧降解上述化合物的过程中存在两个主要途径。由多组分苯酚羟化酶(DmpONMLKP)调控代谢4-CP的4-氯邻苯二酚(4-CC)途径，其中儿茶酚2，3 -双加氧酶(DmpB)表达量显著上调1.1 ~ 3.25倍，上调最为显著。GSH依赖的脱卤途径包括GSR、acpD、ahpF、yghU和katE基因调控4-CA的降解，其表达量显著上调1.0 ~ 3.5倍。并通过RTq - PCR进一步验证核心基因的表达变化。综上，我们的研究结果提供了一种能同时高效矿化4-和4-CP的工程菌，并阐明了其具有两条代谢途径调控4-CA和4-CP的生物降解，可用于氯酚和氯胺复合污染土壤的现场生物修复。